Zum gelegentlichen Verifizieren etwa der zu Fedora-ISOs beiliegenden SHA256-Summen (SHA512 wird in der Praxis selten verwendet, weil der Algorithmus wegen der verwendeten Blockgröße besonders auf 64-Bit-Architekturen lahm läuft) greife ich auf die Kommandozeile und die md5deep-Suite zurück. Ältere Versionen funktionieren laut Autor auch auf Windows 9x.
Zu den GNU Coreutils kompatible MD5- und SHA1-Prüfsummen für Dateien und Ordner erstelle und überprüfe ich hingegen meist gleich mit der Prüfsummen-Funktion vom Total Commander.
Weiterhin schlägt mir SourceForge FileVerifier++ vor, das ein ziemliches Allround-Talent zu sein scheint.