Das PS/2-Kernelmodul läuft jetzt auch ohne protocol-Parameter und erkennt den Trackpoint den Kernel-Meldungen dennoch nur als
input: PS/2 Generic Mouse as /devices/platform/i8042/serio1/input/input8
oder ähnlich?
Ansonsten scheint es bei neueren Lenovo-Trackpoints in der Tat normal zu sein, dass diese (im Moment, alles liegt in dem Fall beim Kernel) nur als "PS/2 Generic Mouse" geführt werden.
Den "mouse"-Treiber kannst du also auch genauso gut entfernen, da libinput diesen genau wie evdev ersetzt.
Dennoch hast du neben dem libinput-InputClass auch noch "Lenovo ThinkPad Keyboard" und "Lenovo ThinkPad Mouse". Stammen die noch aus einer vorherigen Konfiguration unter /etc/X11/xorg.conf.d oder einem Paket (grep -R "Lenovo ThinkPad" /usr/share/X11/xorg.conf.d)?
Hilft es, eine zusätzliche libinput-Beschleunigung anzuwenden (Wert zwischen 0.0 und 1.0, entspricht Skalierung auf 100% bis 200%)?
xinput set-prop "PS/2 Generic Mouse" "Accel Speed" 0.5
Warum meldet eigentlich meine Grafikkarte: [ 41776.814] (--) intel(0): gen9 engineering sample im X260? 
Das scheint beim jetzigen Stand des Intel-Treibers normal zu sein. Skylake auf Linux eben.