Das liegt daran, dass X11 keine Zwischenablage wie Windows oder OS X bereitstellt, durch die tatsächlich eine Kopie der Daten erstellt wird, sondern nur die zwei Selektionen PRIMARY und CLIPBOARD (PRIMARY ist die klassische Selektion, dessen Inhalt mit jeder Markierung z. B. in xterm gesetzt wird und mit der mittleren Maustaste eingefügt werden kann, CLIPBOARD ist was GTK+/Qt für ihre Zwischenablage nutzen), die auf Speicherbereiche in X-Programmen zeigen, die diese Selektionen gerade beanspruchen. Beendet man diese, ist der Inhalt weg. Nichts mehr wird vom ICCCM-Standard vorausgesetzt.
https://www.jwz.org/doc/x-cut-and-paste.html
(Wayland ist im Übrigen ähnlich, nur dass es nur noch eine einzige Selektion gibt.)
Die großen Desktops wie GNOME, KDE oder Xfce umgehen das, indem sie einen Daemon laufen lassen, der den Inhalt der CLIPBOARD-Selektion wegsichert, wenn dieser sich ändert. i3 hingegen ist ein reiner Window-Manager, da brauchst du einen Clipboard-Manager wie parcellite (läuft standardmäßig mit Tray-Icon und hält eine Historie der Zwischenablagen-Inhalte, kann aber auch als reiner Daemon zur Clipboard-Persistenz ausgeführt werden).