Wie sieht denn deine /etc/X11/XF86Config in voller Länge aus? Aus dem Log kann ich z. B. nicht den Inhalt deiner "Device"-Sektion ableiten.
Es sollte nach Dokumentation möglich sein, die BusID (die korrekten Werte für device und function kannst du vermutlich aus der PCI-Auflistung des POST-Vorgangs entnehmen, bus sollte für den Haupt-PCI-Bus 0 sein) und den Driver ("mach64") manuell einzustellen, sodass XFree86 sich ausschließlich um deine dedizierte Grafikkarte kümmert. Die Option -scanpci kann dir bei ersterem helfen, auch wenn ich fürchte, dass dies auch wieder den X-Server zum Einfrieren bringt.
Da Linux für die nicht unterstützte Onboard-Grafik auch vermutlich kein Kernel-Modul lädt (lspci -v zeigt diese Information an) und XFree86 i. d. R. „roh“ mit den Grafikkarten kommuniziert, gibt es diesbezüglich leider auch nichts, was man von OS-Seite auf eine Blacklist setzen könnte.