Danke, dass du Fotos von den ganzen Karten gemacht hast - die Karten sehen ja fast so aus, als wenn sie gerade aus der Fertigung gekommen wären 
Wenn ich mir die Date-Codes auf den ganzen Karten so anschaue, scheint der Rechner Ende 1989 gefertigt worden zu sein - mit einer Ausnahme: Das System Board. Die EPROMs haben 'ne 1990er Datumsangabe drauf, die verlöteten Chips sind von 1991 bzw. Anfang 1992. Eventuell ist das Board schonmal getauscht worden.
Für 1989 ist es dann nicht so ungewöhnlich, dass da "nur" eine VGA-Karte mit nur 256 kB drin ist - die reichen für die reinen VGA-Modi bis 640x480 @ 4 Bit (16 Farben; 153.600 Byte Speicherbedarf) ja auch vollkommen aus. Super-VGA mit 800x600 @ 4 Bit (16 Farben; 240.000 Byte Speicherbedarf) gehen rechnerisch da auch noch mit rein - nur die 8-Bit-Modi (256 Farben) sind mit der Karte aus Speichergründen nicht mehr möglich. Allerdings unterstützt der verbaute VGA-Chip Paradise Systems PVGA1A auch 640x480 @ 8 Bit (256 Farben; 307.200 Byte Speicherbedarf) - theoretisch könnte man also auch eine Aufrüstung versuchen.
Hinsichtlich der Festplatte ist interessant, dass es den Rechner auch mit IDE-Schnittstelle gab: Die war um 1989 noch nicht verbreitet (wenngleich auch schon seit 2-3 Jahren auf dem Markt). Ich vermute mal, da wird das ST-506-Interface mit MFM-Kodierung einfach ein Preisfaktor gewesen sein, zumal die ST-251-1 mit ihren 42 MB eine weit verbreitete 5,25"-Platte war. Die Konstellation mit der MFM-Karte mit IO-Ports drauf bietet da aber als Rückfallebene auch den Einsatz eines IDE-Multi-IO-Controllers - oder, wenn man es "exotischer" machen, will eines (zusätzlichen) SCSI-Controllers. Letzterer böte auch den Vorteil, die beschränkten Auswahloptionen für die Festplatten-Geometrien zu umgehen.
Hinsichtlich Betriebssystem ist der Rechner anno 1989 vermutlich mit IBM PC-DOS 4.0 ausgeliefert worden - das kam im Juli 1988 raus und bot den Vorteil, von Hause aus auch Partitionen mit mehr als 32 MB zu unterstützen. Bis DOS 3.30 konnte man größere Platten mit den bordeigenen Mitteln nur nutzen, in dem man den Speicherplatz auf mehrere 32 MB große Partitionen unterteilte. Das konnte damals nur mit Drittanbieter-Anwendungen umgangen werden. Außerdem hat PC-DOS 4.0 auch Support für EMS, wenngleich wohl nur für IBM-eigene Boards.