So, wollte das mal hier abschließen.
Hab das Macbook bei einem Apple Autorisierten Service Partner abgegeben. Die haben alle Diagnostic Tests durchlaufen lassen, die haben jedoch keine Fehler gebracht. Der Mitarbeiter, hat aber Apple Angeschrieben, dass mit der Platte was nicht stimmen kann, weil ich ihm die HDTune Screenshots gezeigt hab.
Donnerstag Abend das Book wieder abgeholt (dienstag Abend abgegeben). Ergebnis, Platte getauscht. Das ist n Service 
Dann ans Netzwerk angeklemmt und das Image, welches ich mit CCC auf eine Netzwerkfreigabe gesichert hatte gemountet und den Migrationsassistenten geöffnet, von Volume oder Time Machine Backup wiederherstellen ausgewählt. Über Netzwerk eingebundenes Image wurde erkannt und davon wiederhergestellt.
Danach alle Updates heruntergeladen. Danach hatte ich immer noch Performance Einbrüche (wenn auch nur leicht). Habe dann noch mal die Zugriffsrechte repariert und jetzt rennt das Ding wieder wie ne 1! 
Chrome, iTunes, Kalender, Mail und andere kleine Programme machen nur noch 1-3 Bounces im Dock 