Das wäre eher kontraproduktiv. Da ist nämlich noch ein Lüfter ("unten"; im Bild nicht ersichtlich), der die Luft rauszieht. Durch die angewandte Anordnung wird der dadurch erzeugte Luftstrom etwas "unterstützt". 
Im Übrigen war das Problem tatsächlich thermischer Natur. Ich habe nämlich nun das Windows 2000 SP3 Server auf dem Rechner installiert (mit den beiden Lüftern) - und siehe da, auf einmal funktioniert es.. mal schauen, wie warm die CPU-Kühler nun sind.