Wichtig ist vielleicht noch:
Intel hat beim neuen Atom die Grafikleistung künstlich beschnitten, der integrierte Grafikchip des neuen Atoms (D410/510/425/525 und der Netbooks-Atoms) erlaubt kein digitales Videobild mit mehr als 1366x768px (sic!). Wenn du also ein Atom-Board ohne ION2 kaufst, wirst du auf dem HDMI-Output nicht mehr als 720p kriegen.
Zudem läuft bei einem Netbook-ION2 der ION zudem im Hybrid-Betrieb mit der Intel-Graka (aka. ION2 schreibt auf den Display-Speicher der Intel-Grafik), heisst: Läuft nur mit Windows 7 ordentlich und mit Linux kannst du das komplett vergessen, da kannst du den Chip schlichtwegs nicht für Grafik nutzen.
Die gute Nachricht: Das betrifft meines Wissens die meisten (alle?) ION2-Desktop-Board nicht, da wird zumindest der HDMI-Ausgang direkt am ION2-Chip hängen, was dann auch mit den Linux-Treibern geht. Als Linux-User würde ich vor dem Kauf eines ION2-Desktop-Boards aber doch noch kurz googeln ob der ION2 bei dem Board mit Linux nutzbar ist.
Nachtrag: Generell bei ITX (egal ob jetzt mit Atom, Fusion oder gesockelten CPUs (was ich persönlich am ehsten kaufen würde)) schau dir mal die Zotac-Boards an, da gibts echt ordentliche Ausstattungen (mit als auch ohne ION): Mainboards/ITX-/DTX-Mainboards Zotac, Mini-ITX | Geizhals.at